Het bestuursorgaan van VAN is evenwichtig samengesteld en bestaat uit minstens vijf bestuurders. Binnen het bestuur zijn de vijf provincies vertegenwoordigd waar de bij VAN aangesloten beroepsverenigingen actief zijn, alsook de Vlaamse coöperatieve apotheken. Daarnaast maakt ook een vertegenwoordiger van APB deel uit van het bestuursorgaan. Samen met de algemeen directeur bepalen zij de koers en algemene werking van VAN.
